تعتبر الطريقة الختمية حديثة النشأة مقارنة بالطرق الصوفية الأخرى في السودان فقد أسست في 1817م على يد السيد محمد عثمان الميرغنى الختم (1793-1853) وهو من أشراف مكة، أرسله أستاذه الشيخ أحمد بن إدريس ليبصر بأمور دينهم وليدعوا للإسلام في السودان، وقد أرخ لأسرته الشيخ مرتضى الزبيدي والشيخ الجبرتي في تاريخه وأحمد بن إدريس في الإبانة النورية وغيرهم . وتنتشر الطريقة الختمية في مصر وشرق القارة الأفريقية وغربها وأوسطها وشمالها بجانب مركزها في السودان.
وتعتبر الختمية من الطرق الصوفية الكبيرة ذات التنظيم المركزي، ولهذا لم يصبها ما أصاب الطرق الأخرى من تفكك. وقد أستقل عنها الشيخ إسماعيل الولي (1793-1863) وأنشأ طريقة باسم الإسماعيلية في عام 1846م.
تعرضت الطريقة الختمية للتضيق في عهد الدولة المهدية (1885-1898م)، مما أضطر مرشدها الروحي السيد علي الميرغني إلى اللجوء إلى مصر، ويتهم زعيمها السيد علي الميرغني بأنه عاد في ركاب الجيش الانجليزي الغازي للسودان، وتمتعت الطريقة بالتأييد الحكومي طوال عهد الاحتلال الانجليزي للسودان.
في العام 1956م، أسس مرشدها بالتعاون مع بعض المثقفين حزب الشعب الديمقراطي، ويدعو دستور الحزب الى أن يكون السودان موحدا، ودستوره إسلاميا، والعربية لغة رسمية له، وتبني سياسة عدم الانحياز التي أقرها مؤتمر "باندونج". ثم اتحد الحزب مع الحزب الوطني الاتحادي وكونا الحزب الاتحادي الديمقراطي، وقد أصبح الحزب من أقوى الأحزاب السودانية التي تداولت السلطة عدة مرات.
مراكز الطريقة:
تعتبر الخرطوم بحري معقل الطريقة، وبها مسجد الطريقة الرئيس ومدفن السيد على الميرغني. وتعتبر مدينة كسلا شرقي السودان المركز الثاني للطريقة التي يمتد نفوذها بين القبائل المشتركة بين السودان وإرتيريا وللطريقة مراكز للارشاد بدولة ارتيريا وتنتشر الزوايا الختمية في أغلب مدن السودان.
أشهر رموزها:
ارتبطت شهرة الطريقة في الأربعين سنة الأخيرة السيد محمد عثمان الميرغني وهو حفيد مؤسس الطريقة ويتولى محمد عثمان زعامة الحزب الاتحادي الديمقراطي أيضا